Talvez a crítica mais comumente vociferada contra Henry seja aquela de ele ser um racionalista e, portanto, um prisioneiro do agora defunto projeto moderno. Bob Patterson, por exemplo, escreve que: “Nem todos os evangélicos ficam felizes com a tendência de Henry para com o racionalismo”. Stanley Grenz e Roger Olson observam que os seus “críticos têm, com razão, percebido estar ele muito preocupado com a razão e a revelação proposicional”. Donald Bloesch diz: “O método de Gordon Clark e Carl Henry é dedutivo, derivando conclusões a partir de determinados princípios racionais”. Na mesma linha, Gordon Lewis e Bruce Demarest chamam Henry e o seu mentor Gordon Clark de racionalistas dedutivos.
